空前のヒット作として社会現象にまでなった『機動戦士ガンダム』の続編。富野は本作を「(前作の)拡大、延長ではなく接点を持ちつつも独立した物語」としている[1]。
登場人物およびガンダムのデザインは刷新され、前作の登場人物は年齢を重ねて再登場する（時の経過により立場や考え方が変わった者もいる）。旧作のキャストは前作の頃より出演料が高くなり、旧作キャラが一堂に集まるというシーンは制作費がかかりすぎるので作ることができなかった[2]。
前作の「連邦対ジオン」という明快な図式に対して、本作は連邦軍内部の派閥対立を中心に、終盤で旧ジオン残党「アクシズ」が絡んでくる複雑な構図となっている。前作に多くみられた戦闘シーンでの駆け引きが減り、ビームライフルでの撃ち合い中心の戦闘が多く描かれた。
ナレーションは劇中でヘンケン・ベッケナーを演じる小杉十郎太が担当した[3]。前作のように戦況を解説するナレーションは少なく、主に本編冒頭のモノローグ、前回のダイジェスト、次回予告が中心であった。次回予告は毎回、「君は、刻（とき）の涙を見る」[4]というキャッチフレーズで締めくくられた。
「ゼータ」に当てられる文字として読みの上で正しいのはギリシャ文字の"Ζ"であるが、入力の容易さ・形状の類似からラテン文字の"Z"（ゼッド）が代用されることが多い[5]。
人物およびメカキャラクターの刷新、作中に次々と登場する専用機や可変MS、そして難解な内容などのために旧作のファンからは不評を買ったが、新しいファンには受け入れられた[6]。本作は放映当時こそ賛否両論あったものの、20世紀末以降の若いファンにはスタンダードな作品になっている
