『戦闘メカ ザブングル』、『聖戦士ダンバイン』、『銀河漂流バイファム』と制作され続けてきたバンダイとサンライズのロボットアニメは商業的にはガンダムに勝らなかった[7]。一方、ガンダムは『模型情報』や『コミックボンボン』などの雑誌で展開していたものの、劇場版三部作が公開されていた当時よりも売上が落ち込んでいたことからバンダイにより本作が企画された。なお、前作のメインスポンサーであり、玩具を商品化したクローバーが倒産しているため、バンダイはプラモデルにとどまらず玩具も担当している。
企画は『ダンバイン』の放映時から始まっている。間に『エルガイム』の放映期間を挟むので、テレビアニメとしてはかなりの準備期間があった。ところがこのように長い準備期間にも関わらずΖガンダムはその複雑なデザインや変形機構のため、デザイン決定や商品化が遅れた。このためΖガンダムの登場は第3 クールにスケジュール変更された。Ζが登場するまでの2クールの主人公MSをどうするかが問題になり、「MSV（モビルスーツバリエーション）」の流れを取り入れることが提案され、MSVのフルアーマーガンダムとヘビーガンダムのような「強化されたガンダム」をコンセプトとしたガンダムMk-IIが主人公機になった
