独自ドメインでメインサイトを作る場合、ＳＥＯ的には１ドメイン１サイトが好ましいということですが、ここでいう１サイトとはペラサイトのことでしょうか？

ページ数が多いサイトほどよいということですが、ページ数を増やせば増やすほど、リンクしなければならないサイト数が増えてしまいます。

充実したサイトを作れば作るほど相当なサイト数になり、リンク付けするだけでも大変だと思うのですが、みなさんどうされていますか？

ヤフカテ登録サイトで実験したのですが、ページ数約８０ページあるのですが、
子ぺージ３０ページをリンクさせたくらいでアクセスが激減しました。
あまりリンクさせないほうが良いとも思っています。

この認識は違います。
ページ数が多いｻｲﾄを作った場合、通常はトップページにだけリンクをつけます。
もしくは、特定の重要なページとトップページにつけます。

同一サイト内のすべての子ページにリンクつけはしません。

メインサイトはペラとページ数の多いｻｲﾄ、両方用意したほうがいいです。
時期によってどちらが有利になるか変わってくるので、リスク分散のため、両方用意するのがおすすめです。